Cribado computacional de n-acilamidas como potenciales moduladores del sistema LasR para atenuar la virulencia de Pseudomonas aeruginosa

Abstract

El análisis in silico es un método computacional que utiliza simulaciones por computadora para estudiar hipótesis biológicas. Haciendo uso de esta estrategia y basándonos en los principios del diseño racional de fármacos, encontramos que las moléculas candidatas, N-3,4-dihidroxifenetil dodecanamida (DC12) y N-fenetildodecanamida (PEA12), presentan una mayor afinidad, lo que sugiere una mayor probabilidad de interacción y, por lo tanto, un potencial efecto biológico atenuando la patogenicidad (virulencia) de P. aeuroginosa. Se identificó que el sitio de unión exhibe una arquitectura dual, un bolsillo aromático para la interacción con el núcleo del ligando y una cavidad hidrofóbica donde se acomoda la cadena acilo. Las simulaciones de las dinámicas moleculares mostraron estabilidad de los complejos proteína-ligando, lo cual sugiere una interacción más duradera y un potencial efecto terapéutico, mientras que la farmacocinética predice la similitud con fármacos. Estos resultados contribuyen al desarrollo de moléculas con potencial para reducir la virulencia de bacterias como Pseudomonas aeuroginosa.